Cómo veremos lo que "ha descubierto" Julio Núñez estuvo casi en pie hasta la Segunda Guerra Carlista. Y por tanto dejó abundante documentación sobre su existencia. Documentación que es señalada en el Plan Director que el mismo dice que debe de seguir- y que lo más probable es que no haya leído- y también se señala la intervencción arqueológica en el Priorato de San Juan de Iruña. Asi lo dice en sus páginas 87-88:
"Después de la importante información proporcionada tanto por Prestamero como por Becerro de Bengoa acerca del Priorato de la Orden de San Juan en Iruña, pocas -por no decir ninguna- nuevas noticias se recogen sobre el mismo. El resto de autores posteriores a estos eminentes alaveses se dedican a copiar los datos recogidos por ambos o por los Diccionarios de la Academia de 1802 y 1845. Baraibar (1882-1883: 47), eminente erudito contemporáneo a Becerro de Bengoa, y gran cultivador de la arqueología clásica, sobre todo en el campo de la epigrafía, sólo se refiere al monasterio para indicar su desaparición durante la última guerra:
…”se alza una colina aislada, en la cual se descubren vestigios de antigua población, y sendos trozos de murallas, presididas hasta la última guerra civil por las ruinas de un templo románico ó bizantino que embellecían singularmente aquel lugar”.
Para concluir, podemos afirmar que sin duda el antiguo solar de Veleia estuvo poblado ya desde la Edad Media, periodo durante el cual esta realidad espacial pasó a conocerse con el nombre de Iruña, bautizando con el mismo a uno de los linajes más importantes Álava, los Iruña. Sería esta misma familia, quien probablemente en algún momento del siglo XIII o XIV, cediese las tierras del antiguo Oppidum a los Hospitalarios de la Orden de San Juan. Se elevó allí el Priorato de Nuestra Señora de Iruña, cuya primera noticia segura conocemos por un documento que se refiere a un Comendador de Vallejo e Iruña y que a mediados del siglo XIV asiste a una asamblea de la Orden de San Juan en la Castellanía de Amposta. Esta Orden, continuará asen-tada en Iruña con toda seguridad hasta el último decenio del siglo XVIII, momento en el que Prestamero aún nos habla de cómo el Prior de Nuestra Señora de Iruña era el encargado de ordenar a las hermanas del vecino convento de San Juan de Acre.
Entre este momento y el tercer cuarto del siglo XIX, cuando tenemos noticia de que sus edificios se encuentran en estado de ruina, se produciría el abandono del Priorato. La paulatina destrucción de sus estructuras que deviene durante estos años, va a verse acelerada por la última Guerra Carlista (1872-1876) durante la cual estas van a ser totalmente devastadas y reducidas a meros escombros. El olvido al que ha sido sometido este pasado más reciente del llamado “yacimiento romano de Iruña”, nos obligará a prestar una especial atención a estas coordenadas cronológicas, primeramente con una investigación documental que se desarrollará de manera exhaustiva para poder prever después la excavación del enclave de San Juan en Iruña, a lo que también nos ayudarán las intervenciones que se desarrollen durante los10 años del Plan Director. Con el fin de resaltar la importancia histórica que este enclave tuvo, evidente-mente en época romana, pero por lo que se puede intuir en estas líneas, también en los siglos posteriores, al abordar el estudio de un yacimiento, todas las etapas en él contenidas deberán ser atendidas con el máximo rigor metodológico sin priorizar ni olvidar ninguna de ellas."
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